AmueUn Groupement Informatique pour la Gestion des Universités et établissements (GIGUE) a été créé le 3 avril 1992, afin de permettre le développement national d'applications informatiques de gestion adaptées aux universités.
Sa première mission a été de réaliser l'application Nabuco (logiciel de GFC), afin de permettre notamment aux universités de disposer d'un outil qui respecte la refonte du cadre budgétaire et comptable des EPSCP et en généralise les principes dans les établissements.
Le GIGUE assurera ensuite la maîtrise d'ouvrage et la distribution de l'application Apogée dans le domaine de la gestion de la scolarité des étudiants, puis de l'application Harpège dans le domaine de la gestion des personnels.
A la demande des IUFM, l'Agence prend la maîtrise d'ouvrage de la maintenance de GERICO, progiciel de gestion financière et comptable de ces établissements, et a pris en charge les équipes de maîtrise d'ouvrage du logiciel Prothée, utilisé par certains IUFM pour la gestion de la scolarité.
En 1997 l'Amue a pris la suite du GIGUE. Cette évolution correspondait à la volonté des établissements et du ministère d'élargir la mise en commun des efforts et compétences pour dégager des axes communs de progrès dans les grands domaines de gestion, au-delà des aspects strictement informatiques.
Les activités de l'Amue entre 1997 et 2002 ont notamment été marquées par deux opérations majeures :
Au printemps 1997, l'Amue a créé et installé la Maison des Universités, à proximité du quartier latin à Paris, lieu ressource pour la communauté universitaire (mise à disposition de salles de réunion, hébergement d'organismes et associations, site web du même nom...).
Prorogé en Agence de mutualisation au printemps 2002, le groupement se fixe plusieurs objectifs prioritaires :
Le 31 décembre 2006, l'Amue est prorogé pour 8 ans. Le GIP s'ouvre aux établissements d'enseignement supérieur et de recherche venant d'autres horizons et s'engage :
Le 7 juillet 2008, Valérie Pécresse, ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, Michel Lussault, président de l'Amue, vice président de la Conférence des présidents d'université (CPU), et Jacques Bernard, directeur de l'Amue signent le contrat quadriennal de développement 2007 – 2010 État/Amue lors de la cérémonie de signature des contrats de la vague B.