L'IGF et l'IGAENR ont élaboré le cahier des charges en vue de l'élargissement des compétences des universités

Faisant suite aux missions d'audits menées dans les universités Joseph-Fourier (Grenoble-I), Henri-Poincaré (Nancy-I), François-Rabelais (Tours) et Cergy-Pontoise, ce document présente « les critères permettant d’apprécier la capacité d’une université à assumer [ces] nouvelles compétences et à en tirer le plus grand parti »
Un cinquième audit est actuellement en cours à l'université Paris-Descartes (Paris-V).

Le cahier des charges est une aide donnée à chaque établissement pour évaluer le degré de préparation à la réforme. Il sera suivi d’un "guide d’audit" pour aider les auditeurs à dresser un état des lieux à la suite duquel ils pourront établir "un programme d’actions adapté" à chaque université.  visant à présenter les principales actions (prioritaires et progressives) à engager.
Il permettra également "d’éclairer les ministères de tutelle, dont l’accord est requis par la loi".

Le cahier des charges se décline en quatre parties :

• Gestion budgétaire et financière
• Gestion des ressources humaines

• Gestion immobilière
• Pilotage et relations avec la tutelle.