Un Groupement Informatique pour la Gestion des Universités et établissements (GIGUE) a été créé le 3 avril 1992, afin de permettre le développement national d'applications informatiques de gestion adaptées aux universités.
Sa première mission a été de réaliser l'application Nabuco (logiciel de GFC), afin de permettre notamment aux universités de disposer d'un outil qui respecte la refonte du cadre budgétaire et comptable des EPSCP et en généralise les principes dans les établissements.
Le GIGUE assurera ensuite la maîtrise d'ouvrage et la distribution de l'application Apogée dans le domaine de la gestion de la scolarité des étudiants, puis de l'application Harpège dans le domaine de la gestion des personnels.
A la demande des IUFM, l'Agence prend la maîtrise d'ouvrage de la maintenance de GERICO, progiciel de gestion financière et comptable de ces établissements, et a pris en charge les équipes de maîtrise d'ouvrage du logiciel Prothée, utilisé par certains IUFM pour la gestion de la scolarité.
En 1997 l'Amue a pris la suite du GIGUE. Cette évolution correspondait à la volonté des établissements et du ministère d'élargir la mise en commun des efforts et compétences pour dégager des axes communs de progrès dans les grands domaines de gestion, au-delà des aspects strictement informatiques.
Les activités de l'Amue entre 1997 et 2002 ont notamment été marquées par deux opérations majeures :
Au printemps 1997, l'Amue a créé et installé la Maison des Universités, à proximité du quartier latin à Paris, lieu ressource pour la communauté universitaire (mise à disposition de salles de réunion, hébergement d'organismes et associations, site web du même nom...).
Prorogé en Agence de mutualisation au printemps 2002, le groupement se fixe plusieurs objectifs prioritaires :
Le 31 décembre 2006, l'Amue est prorogé pour 8 ans. Le GIP s'ouvre aux établissements d'enseignement supérieur et de recherche venant d'autres horizons et s'engage :
Le 7 juillet 2008, Valérie Pécresse, ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, Michel Lussault, président de l'Amue, vice président de la Conférence des présidents d'université (CPU), et Jacques Bernard, directeur de l'Amue signent le contrat quadriennal de développement 2007 – 2010 État/Amue lors de la cérémonie de signature des contrats de la vague B.
Alors que le précédent contrat de l’Amue 2007 - 2010 a été marqué par la loi relative aux libertés et responsabilités des universités, et pour l’Amue, par le déploiement de Sifac et la construction de Siham, le plan stratégique 2011 - 2015 vise à répondre beaucoup plus largement aux attentes des établissements autour de trois axes stratégiques :
Ce contrat est signé le 28 mars 2012 par Laurent Wauquiez, ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, Louis Vogel, président de l'Amue et de la CPU et Claude Ronceray, directeur de l'Amue, lors de la cérémonie de signature des contrats de la vague B.
Le 7 décembre 2016, l’Amue signe son contrat quinquennal de développement avec l’Etat pour la période 2016-2020, en présence de Thierry Mandon, secrétaire d’Etat chargé de l’enseignement supérieur et de la recherche, de Jean-Loup Salzmann, président de la CPU et du CA de l’Amue, et de Stéphane Athanase, directeur de l’Amue. Cette signature clôt l’annonce des 20 nouvelles mesures du plan de simplification de l’ESR présentées par Thierry Mandon, ce même jour.
En effet, dans le respect de l’autonomie des établissements qui la composent et dans le cadre de leurs missions, avec l’appui de l’Etat, l’Amue s’inscrit résolument, pour la période couverte par ce nouveau contrat, dans la réalisation d’actions concourant à l’amélioration de la qualité de leur gestion.
Rapportée à ses trois axes stratégiques d’activités, en l’occurrence Systèmes d’information (SI), Formations et Accompagnement, l’Agence :
C'est le 17 mars 2022, l'année de ses 30 ans, que le nouveau contrat de développement 2021-2025 de l'Amue est signé avec le MESRI, par Frédérique Vidal, ministre de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation, Gilles Roussel, président du CA de l'Amue et Stéphane Athanase, directeur de l'Amue.
Les actions de l’agence s’inscriront dans ses deux champs d’activité privilégiés : l'accompagnement et les chantiers SI qui concerneront plus particulièrement la réalisation complète de Pégase, de Caplab, la migration de la souche SAP vers S4/Hana et celle de la Suite 7 vers la suite 9 d'HR Access, la fincalisation de la nouvelle version de Sinaps, l'archivage, le mode service. Tout cela dans un contexte de sobriété numérique.